在公路工程设计资质申请过程中，如果申请企业对资质评审结果有异议或需要申诉，通常应遵循以下步骤处理：

查阅评审结果通知：首先，企业会收到官方关于资质申请评审结果的通知，该通知中通常会说明评审结果及不通过的原因（如果适用）。这是企业了解具体问题并决定是否提出异议的基础。

内部复核：企业应先内部复核申请材料、评审反馈意见，确认是否存在误解、遗漏或误判的情况。

正式提出异议：如果企业认为评审结果存在错误或不公平之处，应在规定时间内（一般会有明确的时间限制，例如收到通知后的15天或30天内）以书面形式向负责审批的主管机关正式提出异议。异议书中应明确指出异议事项、理由及相关证据材料。

提交补充材料：如果异议是因为材料不全或解释不充分，企业应按照要求补充提交相关证明材料或进一步的说明。

官方复查：主管机关接到异议后，会进行复查，这可能包括重新审核申请材料、组织专家复议或现场核查等环节。

申诉与听证：如果复查结果仍不能满足企业诉求，某些情况下企业可能有权进一步向上级主管部门申诉或申请听证。这一过程可能涉及更高层级的行政复议或司法程序。

遵守决定：最终，无论复审或申诉的结果如何，企业都应根据正式通知执行，如补正材料、接受资质授予或继续改进后重新申请。

在整个过程中，保持沟通渠道的畅通，遵循官方指导和法律法规是非常重要的。企业还应该注意保存好所有的通信记录、申请材料副本及官方回复文件，以便在申诉或复核时使用。
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