虽然没有直接找到一份名为“环境工程大气污染防治工程设计专项乙级资质申请手册”的特定文档，但根据已有的信息和普遍流程，以下是一个概括性的申请指南，可作为参考：

环境工程大气污染防治工程设计专项乙级资质申请概览
1. 资质申请前期准备
确认资质标准：查阅最新的资质申请标准和条件，包括企业法人资格、注册资金、技术人员配置等。
组建技术团队：根据要求配备注册环保工程师、一级注册结构工程师、暖通工程师、供配电工程师等，并确保非注册人员满足相应条件。
准备企业资料：包括法人证书、公司章程、股东会决议等基础文件。
2. 技术负责人与专业技术人员
技术负责人：确保技术负责人符合条件，如具备本科以上学历、5年以上环境工程设计经历，主持过中型项目，以及注册执业资格或高级职称。
技术人员配备：确保人员数量和专业结构符合资质标准，准备相关人员的资质证书、工作经验证明等。
3. 企业管理体系
建立质量管理体系：制定并实施质量控制程序，确保设计质量。
档案管理：建立完整的项目档案和人员档案管理体系。
办公条件：提供固定的工作场所和必要的设计软硬件设备。
4. 申请材料准备
资质申请表：填写完整并加盖公章。
企业基本情况说明：包括企业概况、业务范围、技术力量等。
技术人员资料：每位技术人员的资质证明、履历表、项目经验等。
企业管理制度：质量管理体系、档案管理、财务制度等文件。
业绩证明材料：已完成的设计项目合同、验收报告、用户反馈等。
5. 网上申报与纸质材料提交
登录当地住房和城乡建设厅或国家相关网站的资质管理系统，完成网上申请流程。
按照系统提示打印申请表并连同其他纸质材料一并提交至指定地点。资质新办，升级，增项咨询河南宽信工程咨询李工。
联系我时，请说是在33建筑网看到的，谢谢！